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Detección y genómica del SARS-CoV-2 secuenciación de muestras de superficie hospitalaria recogido en Universidad de California, Centro Médico Davis.

Comisión de Educación Continua de Bioquímicos

Hipótesis: Hay pocas dudas de que los aerosoles juegan un papel importante en la transmisión del SARS-CoV-2. La importancia de la presencia e infectividad de este virus en superficies ambientales, especialmente en un entorno hospitalario, sigue siendo poco clara.

Objetivos: analizar hisopados de superficie para ARN e infecciosidad del SARS-CoV-2, y determinar su idoneidad para el análisis de secuencias.

Métodos: Se recolectaron muestras durante dos oleadas de COVID-19 en la Universidad de California, Davis Medical Center, en las áreas de congregación de personal y servicio de pacientes COVID-19. qRT-PCR positivo. Las muestras se investigaron en cultivos de células Vero para determinar los efectos citopáticos y filogenéticos evaluado por secuenciación del genoma completo.

Medidas y principales resultados: Se mejoraron las prácticas de limpieza y manejo de pacientes entre abril y agosto de 2020. Estas medidas se asociaron con una reducción sustancial de la positividad de qRT-PCR para SARS-CoV-2 (del 11% al 2%) en muestras de superficie hospitalaria. Aunque recuperamos el genoma casi completo en algunas secuencias, ninguna de las muestras positivas (11 de 224 en total) causó efectos citopáticos en células cultivadas, lo que sugiere que este ácido nucleico no estaba asociado con viriones intactos, o estaban presentes en cantidades insuficientes para la infectividad. Se sugiere que el análisis filogenético de los genomas del SARS-CoV-2 de las muestras positivas se derivaron de pacientes  positivos hospitalizados.

Conclusiones: Este estudio confirma la baja probabilidad de que la contaminación por SARS-CoV-2 en las superficies de los hospitales contenga virus infecciosos, lo que cuestiona la importancia de los fómites en la transmisión de COVID-19.

Este es el primer informe sobre la recuperación de secuencias del genoma del SARS-CoV-2 casi completas directamente de hisopos de superficie ambiental.

 


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Detección y genómica del SARS-CoV-2 secuenciación de muestras de superficie hospitalaria recogido en Universidad de California, Centro Médico Davis.