Con el objetivo de estudiar las variantes circulantes del virus SARS-CoV-2 hacia el fin de la 3ra ola y parte de la 4ta de la COVID-19 en diferentes provincias de la Argentina, se analizaron un total de 929 muestras correspondientes al período 09/11/21-13/06/22, de las cuales 916 fueron seleccionadas al azar y corresponden a individuos sin antecedente de viaje al exterior o contacto estrecho con viajeros: 165 correspondieron a casos de la CABA, Gran Buenos Aires y alrededores y Gran La Plata, 39 a la provincia de Buenos Aires (no AMBA), 39 a la provincia de Chaco, 48 a la provincia de Corrientes, 11 a la provincia de La Pampa, 20 a la provincia de Mendoza, 59 a la provincia de Misiones, 95 a la provincia de Neuquén, 51 a la provincia de Salta, 25 a la provincia de Tierra del Fuego y 364 a la provincia de Santa Fe. Además, se analizaron en forma retrospectiva 35 muestras de la provincia de Jujuy (2da ola). Las 13 muestras restantes correspondieron a casos especiales (nexo con viajero y confirmación de casos detectados por la técnica de RT-qPCR específica para variantes o estudios especiales). En 539 casos se realizó la secuenciación completa del genoma del SARS-CoV-2.
En total se identificó la variante Omicron en 899 casos (96,8%), la variante Delta en 29 casos (3,1%) y la variante Lambda en un caso (0,1%). Entre los casos de la variante Omicron, 603 correspondieron al linaje BA.1 (67,1%), 262 al linaje BA.2 (29,1%), 25 al linaje emergente BA.2.12.1 (3,6%) y nueve a alguno de los linajes emergentes BA.4/BA.5 (1%).
Los análisis filogenéticos de secuencias de Omicron de Argentina, obtenidas por Proyecto PAIS entre el 27 de octubre del 2021 y el 13 de junio del 2022, mostraron la presencia mayoritaria de los linajes BA.1, BA.1.1 y BA.1.15; y de BA.2, BA.2.3, BA.2.9 y BA.2.12.1. Para el linaje BA.2, de más reciente introducción y dispersión mundial, se observaron múltiples introducciones al país y también grupos compatibles con cadenas de transmisión local de distribución regional acotada (una o dos provincias), con la excepción de un grupo de transmisión del linaje BA.2.3, con distribución más amplia y asociado mayoritariamente con casos de la región centro-norte del país.
Al cierre de este reporte se incorporaron recientes datos de las provincias Córdoba, Neuquén y Santa Fe.
En este momento, Argentina transita una baja en los casos correspondientes a la cuarta ola que, si bien inicialmente se encontró asociada principalmente al linaje BA.2 de Omicron, en las últimas semanas analizadas se han detectado casos de los linajes emergentes BA.2.12.1 y BA.4/BA.5 en el AMBA, Córdoba, Corrientes, Chaco, Neuquén, Mendoza y Santa Fe; encontrándose BA.2.12.1 entre el ̴5-26% de los casos y BA.4/BA.5 entre el ̴6-25%.

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Vigilancia activa de variantes de SARS-CoV-2 en la CABA, provincias de Buenos Aires, Chaco, Córdoba, Corrientes, Jujuy, La Pampa, Mendoza, Misiones, Neuquén, Salta, Santa Fe y Tierra del Fuego. Actualización 01-07-2022