Las infecciones virales predisponen a los pacientes a coinfecciones y superinfecciones bacterianas. Las coinfecciones juegan un papel importante durante el transcurso del COVID-19. En primer lugar, la enfermedad pulmonar obstructiva crónica (EPOC) es una de las comorbilidades asociadas con COVID-19 severo. Los pacientes con EPOC están colonizados por patógenos bacterianos incluso en la fase estable de la enfermedad, por lo que es probable que la infección  por  SARS CoV-2 ocurre en pacientes que ya colonizados con bacterias. En segundo lugar, existe la posibilidad de que  en la COVID-19 grave, los pacientes pueden ser subsecuente o coincidentemente infectados por bacterias. La mediana de estadía hospitalaria de los pacientes con COVID-19 es de 7 días, pero puede llegar hasta 14 días o incluso más y el riesgo de neumonía asociada al hospitalización aumenta significativamente cuanto mayor es la hospitalización.  Mas del 90% de las neumonías hospitalarias están asociadas con ventilación mecánica, siendo esta intervención una de las terapias utilizado en pacientes COVID-19 admitidos en UTI.

Existen tres posibilidades no mutuamente excluyentes de coinfección bacteriana / SARS-CoV-2:

1) SARS-CoV-2 secundario después de infección /colonización bacteriana.

2) SARS-Cov-2 simultaneo con neumonia bacteriana;

3)Infección bacteriana secundaria ("Superinfección") después del SARS-CoV-2.

Los mecanismos subyacentes de estos escenarios dependen en gran medida del contexto y el tiempo, que implican interacciones complejas entre tres entidades distintas (virus, huésped y bacteria).

El SARS-CoV-2 puede aumentar la colonización y unión de bacterias al tejido del huésped y las infecciones combinadas pueden resultar en aumento de la destrucción de tejidos. La disfunción de las vías respiratorias, citopatología y destrucción de tejidos inducida por la infección SARSCoV-2 o durante la coinfección bacteriana puede facilitar la diseminación sistémica del virus y / o copatógenos bacterianos, aumentando drásticamente el riesgo de infecciones y sepsis. Las infecciones por virus aumentan la invasión del epitelio de las vías respiratorias por patógenos respiratorios. A su vez las infecciones bacterianas pueden incluso provocar disminución de la activación de la defensa del huésped que puede resultar en un aumento susceptibilidad a la patología de la infección por SARS-Cov-2.

Las coinfecciones bacterianas pueden incluso provocar amortiguación de la activación de la defensa del huésped que puede resultar en un aumento susceptibilidad a la infección por SARS-CoV-2 y patología posterior.

Otra dimensión es el impacto del COVID-19 sobre resistencia a los antimicrobianos (AMR). A nivel mundial, la pandemia de SARS-CoV-2 se superpone a la pandemia en curso de bacterias multirresistentes. Para tratar la neumonía grave, independientemente de la causa, los pacientes recibirán antibióticos de amplio espectro como alternativa. En la mayoría de los países, entre el 15 y el 50% de las cepas bacterianas son resistentes al menos a un grupo antimicrobiano y la resistencia combinada a varios grupos antimicrobianos es frecuente, por lo que probable que el antibiótico empírico como  tratamiento tendrá un efecto limitado en infecciones adquiridas en el hospital. En este escenario, casi todos los pacientes con COVID-19 grave son tratados con antibióticos, que pueden tener eficacia limitada. Es preocupante que también haya evidencia clínica que sugiere que este inadecuado uso empírico de antibióticos de amplio espectro podría estar asociado con una mayor mortalidad. Desafortunadamente, a medida que continúa la pandemia, anticipamos un aumento significativo en la resistencia a los antimicrobianos a través del uso intensivo de antibióticos en pacientes con COVID-19. Esto puede tener devastadores  consecuencias en los entornos hospitalarios con una alta prevalencia de bacterias multirresistentes ya existente, que lleva a un aumento en la mortalidad debido al limitado arsenal de antibióticos para tratar infecciones adquiridas en el hospital. El tratamiento de los pacientes después de cirugías, trasplantes o quimioterapia podría estar significativamente comprometido. Además, no debe olvidarse el impacto directo en el entorno sanitario y la transmisión de resistencia antimicrobiana al medio ambiente. Por ejemplo, el aumento de los niveles de antimicrobianos liberados en las aguas residuales de los hospitales afectarán los niveles de antimicrobianos en el medio ambiente, afectando el nivel de resistencia en animales (tanto de vida silvestre como animales de cría) , en agricultura y sistemas naturales.

Es fundamental el rol del laboratorio, que  debe informar cuáles son los antibióticos más adecuados según el microorganismo y el patrón de resistencia.

En este campo en rápida evolución, todavía hay una necesidad urgente de identificar y caracterizar bacterias y coinfecciones durante COVID-19. El diagnóstico precoz y rápido permitirá la detección de una amplia gama de patógenos (incluida sus perfiles de  resistencia a los antimicrobianos ) y sin duda contribuirá a la mejor administración de antimicrobianos. En resumen, es fundamental que las coinfecciones no sean subestimadas y, en cambio, sean parte de un plan integrado para limitar la globalización de morbilidad y mortalidad durante la pandemia de SARS-CoV-2.

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SARS-CoV-2, coinfecciones bacterianas y resistencia a los antimicrobianos: ¿el trío mortal en COVID-19?